L’unité contribue aux recherches sur les hydrosystèmes d’eau courante et lacustre en concevant des méthodes et des outils pour l’évaluation de leur état écologique, leur gestion durable.

Elle acquiert les connaissances nécessaires à une gestion équilibrée des milieux et des espèces, conciliant conservation du patrimoine biologique et prise en compte des différents usages.

Les activités de l’unité ont notamment pour objectif d’identifier et de préciser les mécanismes de structuration qui lient l’habitat physique et l’expression biologique des peuplements d’invertébrés benthiques aquatiques et de poissons.

Les recherches portent aussi sur la biologie des espèces, sur leur dynamique et sur les facteurs environnementaux et anthropiques susceptibles d’agir sur ces ressources. Les liens structurels sont examinés dans la variété spatiale et la variabilité temporelle des systèmes à l’échelle de l’organisation et du fonctionnement des organismes cibles.

Les méthodologies mises en œuvre couvrent un large éventail, depuis les techniques classiques de l’hydrobiologie jusqu’au développement de modèles originaux. Selon les opportunités rencontrées dans le contexte social et la nature de l’objet d’étude, les résultats peuvent être formulés en terme de méthodes de diagnostic ou en terme de méthodes de simulation.

L’unité développe également des indices de bioindication basés sur des métriques fonctionnelles décrivant les communautés piscicoles dans les rivières et les lacs aux échelles nationales et européennes. Elle participe à la mise en place de la Directive Cadre sur l’Eau.