Les recherches conduites par l'unité Ecosystèmes Estuariens et Poissons Migrateurs Amphihalins visent à acquérir les connaissances, construire les méthodes et mettre au point les outils pour l’évaluation de l’état des hydrosystèmes, la gestion durable des ressources piscicoles ou la restauration d’espèces menacées, dans le domaine :
• des communautés de poissons des écosystèmes estuariens ;
• des poissons migrateurs amphihalins (anguille, alose, esturgeon, saumon en particulier) et de leurs assemblages.

Reposant sur l’appréciation de l’état et de la dynamique de fonctionnement des milieux et espèces, prenant en compte les facteurs susceptibles d’agir sur les édifices biologiques (pêche, perturbations, obstacles, contamination, changements environnementaux…), ces études visent à développer une ingénierie des systèmes estuariens et des populations de poissons migrateurs, en développant des méthodes relevant de la biologie de la conservation.
L’unité participe pour une partie de ses activités à l’équipe de recherche technologique : "Aménagement et restauration des cours d’eau à poissons migrateurs amphihalins" (Cemagref • CSP • EDF • LEA • INPT).